Die Mikrofiltration trennt Proteinbestandteile auf natürlichem Weg, ähnlich der Ultrafiltration, von sonstigen Bestandteilen einer Substanz wie Kohlenhydraten und Fetten.
Der wesentliche Unterschied zur Ultrafiltration besteht in den Porengrößen der Membran (über 1µm bei der Mikrofiltration zu unter 1µm bei der Ultrafiltration) sowie der Membranstruktur.